Qual è la differenza tra Mi ha chiesto cosa aveva fatto Paolo. e Mi ha chiesto cosa avesse fatto Paolo. ?Sentiti libero di rispondere con un esempio.

Non c’è nessuna differenza di significato e sono entrambe forme naturali e corrette.
Nelle interrogative indirette se la reggente ha il passato prossimo indicativo (es. “mi ha chiesto”) si può esprimere anteriorità rispetto alla reggente stessa usando sia l’indicativo passato prossimo (“mi ha chiesto cosa ha fatto Paolo”), sia, in misura meno frequente, l’indicativo imperfetto (“mi ha chiesto cosa faceva Paolo”) o il passato remoto (“mi ha chiesto cosa fece Paolo”) o il trapassato prossimo (“mi ha chiesto cosa aveva fatto Paolo”),
oppure il congiuntivo passato (“mi ha chiesto cosa abbia fatto Paolo”) o, meno frequente, il congiuntivo imperfetto (“mi ha chiesto cosa facesse Paolo”) e trapassato (“mi ha chiesto cosa avesse fatto Paolo”).
Vedi spiegazione ed esempi (92),(93), (94) e (95) qui: https://www.treccani.it/enciclopedia/interrogat...